Biología molecular

08 julio 2008

El Arte desde la Biología

El 30 de Junio y 1 de Julio tuve la oportunidad de participar en el curso de verano co-organizado en Bilbao por la Universidad del País Vasco (UPV/EHU) y el Museo Guggenheim Bilbao dentro de los Encuentros de Arte y Cultura, y que tenía por tema Arte y Creatividad II: Hacia una educación creadora a través del arte. Interpretar el Mundo a través del Arte e Interpretar el Arte a través del Mundo.

Este encuentro forma parte de los cursos de verano de la Universidad del País Vasco. y sus directores eran Josu Rekalde, de la Facultad de Bellas Artes de la UPV/EHU, y Marta Arzak, del  Museo Guggenheim Bilbao. Las intervenciones de los ponentes asi como las conversaciones con los organizadores están disponibles como videos para descarga en el sitio del curso.

En mi caso me propusieron hablar sobre las relaciones entre arte y biología. A continuación podéis ver la presentación que utilicé en mi intervención así como una serie de notas que reflejan las ideas que presenté allí.

El Arte desde la Biología

1. ¿Arte y biología?

Ciencia y arte son dos aproximaciones a la realidad o a los escenarios alternativos (realidades potenciales) que podríamos diseñar y poner en práctica. Pero ciencia y arte usan métodos y lenguajes y buscan objetivos que aparentemente son radicalmente diferentes. Al tiempo ciencia y arte no son más que contenedores artificiales, fruto en buena parte de la historia, donde ubicamos una serie de prácticas diversas para comprender (e influir sobre) la realidad que tienen muchos puntos en común. Así, la evolución de la ciencia, y en particular de la biología, y del arte está provocando convergencias en métodos, lenguajes y objetivos que ofrecen posibilidades enormemente sugerentes para aquellos con una visión y una estrategia transdisciplinar o, incluso, “adisciplinar”. La aproximación “adisciplinar”, a pesar de partir de una disciplina, es capaz de enfrentarse al problema sin las restricciones disciplinares y tratando de incorporar los métodos y conceptos útiles, independientemente de su origen disciplinar.

2. Evolución de los objetos de estudio de la Biología

La Biología se está transformando desde una ciencia de límites bien definidos hacia un conjunto heterogéneo de herramientas, métodos y objetivos que se hibridan con muchas otras ciencias o disciplinas (incluso sociales). La Biología como “una” ciencia es crecientemente artificial en su concepción. La escala de observación marca esta diversificación y podemos definirla identificando sus dos extremos:

  • escala molecular: procesos a pequeña escala, la correspondiente a los átomos y moléculas. En este extremo la biología puede entendese claramente como una ciencia de la información que, cada vez más, utiliza métodos y herramientas propios de las tecnologías de la información. La biologia molecular es una forma de wetware, un “software y hardware húmedos”. Químicos, físicos y bioinformáticos son los biólogos moleculares del siglo 21. O, desde otro punto de vista, los biólogos moleculares se transforman en especialistas en física, química o bioinformática.
  • escala ecológica: ecosistemas y paisaje. Las interacciones entre organismos y con el territorio (con sus elementos físicos y geológicos) configuran la dinámica de ecosistemas y, finalmente, del propio paisaje. En esta escala los biólogos trabajan con objetos similares a los de otros que se preocupan por el territorio (por ejemplo, ingenieros, arquitectos, geógrafos, sociológos o los propios políticos). El hombre se sitúa en esta escala como un actor más, pero a la vez sumamente relevante, y por tanto la biología se convierte en cierta medida en una ciencia social.

3. ¿Qué es Biología a inicios del siglo 21? Transformaciones históricas del método científico en Biología

Podemos dividir la reciente historia de la biología en tres grandes periodos (entre los que existen grandes fases de solapamiento y de hecho hoy en día coexisten estas tres visiones y prácticas de la biología):

  • Hasta aprox. 1950–60: La biología era principalmente un esfuerzo de catalogación de la diversidad de la vida, inicialmente a la escala de organismo (así nacieron la zoología o la botánica) y posteriormente a escalas moleculares y ecológicas. La descripción dió paso a la visión funcional, pero aún así el objetivo principal era la clasificación y la comprensión de los organismos vivos como un todo funcionante.
  • En la segunda mitad del siglo 20: Desarrollo de hipótesis causales y modelos (conceptuales y matemáticos) que expliquen las razones de la diversidad de la vida. Sin embargo, Darwin o Mendel, que vivieron en el siglo XIX, aplicaron ya este enfoque, aunque podrían ser considerados excepciones en su época histórica. La acumulación de información procedente de la fase anterior proporciona un excelente material para desarrollar hipótesis empíricas basadas inicialmente en evidencias correlativas. Con el desarrollo del método experimental (tanto en condiciones controladas de laboratorio como en la propia naturaleza), estas primeras hipótesis se transforman en una interpretación causal de los procesos biológicos que se retroalimenta con el desarrollo de modelos teóricos y simulaciones.
  • En el siglo XXI: existen dos procesos que alteran el modelo científico convencional y la propia naturaleza de la biología: 1) su transformación en una “ciencia de diseño”, y 2) el crecimiento exponencial de la información biológica y de las tecnologías que permiten su “minería” (ver 4).

4. La biología del siglo 21: ciencia de diseño y tecnología de la información

Para comprender la esencia de la biología actual debemos recordar que la base biológica de la vida es un sistema de información que, en lugar de binario como la información digital, es cuaternario (se emplean 4 nucléotidos para construir la información genética, base a su vez del resto de estructuras biológicas). Si a esto añadimos los usos que hace (o quiere hacer) el hombre de la biología y como el hombre modifcia sus objetos de estudio, llegaremos a dos características heterodoxas que presenta esta ciencia en el seiglo 21:

– Ciencia de diseño. Todo es artificial, en ambos extremos de la escala biológica. Como proponía Herbet Simon (y nos recordaba Ramón Sangüesa): “Engineering, medicine, business, architecture and painting are concerned not with the necessary but with the contingent - not with how things are but with how they might be - in short, with design”. Esta definición es aplicable a la biología contemporánea en todo el rango de escalas organizativas:

  • en la escala molecular surge la biología de sistemas cuyo objetivo es entender las bases del diseño de la vida (en estos momentos de sus organismos de organización más simple) para poder diseñar nuevos organismos con funciones de interés. De hecho diversos artistas han utilizado estas posibilidades como herramientas de creación, por ejemplo mediante la introducción de modificaciones genéticas que producen fluorescencia para crear “sistemas de iluminación” provocados por la actividad biológica. Los organismos transgénicos con los que Eduardo Kac desarrolla su bio art es un buen ejemplo.
  • en la escala ecosistémica, prácticamente la totalidad de la superficie terrestre presenta la huella de los usos humanos y, en la mayor parte del territorio, el hombre se ha convertido en el principal agente de la dinámica ecológica. Por tanto un objetivo clave de las emergentes ciencias de la sostenibilidad, donde se incorpora la ecología, es diseñar condiciones para el funcionamiento de los ecosistemas y su integración con los usos humanos. Estos sistemas han comenzado a denominarse socio-ecológicos.

Por tanto tiene poco sentido seguir entendiendo aún a la biología como una ciencia de lo natural, se ha convertido ya en una ciencia de lo artificial en un doble sentido:

  • sus objetos de estudio son resultado de la acción del hombre, son ya “artificiales”
  • sus objetivos son ya el diseño, tanto de sistemas biológicos desde la escala molcular como de ecosistemas y territorios sostenibles desde la escala ecosistémica

– Tecnologia de la información. Al tiempo la biología se ha convertido también en una combinación de ciencia y tencología de la información por tres razones:

  • La informática es ya esencial para la investigación biológica y la complejidad de las bases de datos biológicos requieren de sistemas avanzados para la gestión y análisis de la información.
  • La lógica biológica se utiliza cada vez más en el desarrollo de sistemas computacionales y de minería de datos (por ejemplo, os algoritmos genéticos o las redes neuronales).
  • La exuberencia de información biológica (especialmente molecular) ya de por si extraordinariamente compleja hace imprescindible la transición desde modelos de investigación lineares a otros basados en la minería de datos sin modelo ni hipótesis previas. El número de julio de Wired está dedicado a este tema y adopta el provocador título de The End of Science. El artículo principal escrito por Chris Anderson, The Data Deluge Makes the Scientific Method Obsolete, propone el final de la teoría dado que la complejidad generada por la magnitud de las bases de datos disponibles requiere de modelos de análisis y desarrollo de conocimiento alternativos, basados más en la minería de datos. Estaríamos ante el regreso a las evidencias correlativas, pero a gran escala. Mientras el estadístico George Box explicaba hace ya más de 30 años que "all models are wrong, but some are useful”, Peter Norvig (director de investigación de Google) proponía hace poco que "all models are wrong, and increasingly you can succeed without them". En Edge, se ha desarrollado un intenso debate alrededor de la propuesta de Anderson en el que algunos críticos, aunque aceptan la creciente importancia de la minería de bases de datos “libre de modelos a priori”, defienden que esta aproximación seguirá conviviendo con los modelos de investigación convencionales basados en diseños experimentales, contraste de hipótesis y desarrollo de modelos formales.

En cualquier caso, conforme aumentan los volúmenes de información crece la importancia de la visualización de datos como un método alternativo de exploración (ver 6). El mismo número de Wired propone un buen ejemplo, alejado de la biología, de la utilidad de estas visualizaciones para la comrpesión de la dinámica de ediciones en la Wikipedia (un proyecto que ya comenté aqui).

5. La(s)  Biología(s) como objeto del arte

Existen al menos tres ámbitos de la biología que podrían (y de hecho la tienen) tener influencia como fuente de inspiración y “materiales” para la creación artística:

– Evolución, selección natural y adaptación son procesos que han sido utilizados como inspiración para el diseño de procesos de creación artística, como por ejemplo el arte generativo. Uno de los ejemplos más sencillos de la aplicación de conceptos y mecanismos evolutivos al diseño podemos encontrarlos en los proyectos de Jer Thorp Variance y DarwinInstruments. El primero utiliza algoritmos evolutivos para el diseño de un logo a partir de elementos basícos, como tipos de letra y colores, que se mezclan (“se reproducen”) y sufren un proceso de selección. El segundo emplea sonidos básicos para, siguiendo el mismo procedimiento, componer una melodía. Ambos ejemplos no son más que pruebas de concepto (que pueden ser ensayados directamente en su sitio web) pero demuestran de una forma sencilla y clara como la inspiración evolutiva puede convertirse en una potente herramienta creativa para el diseño y el arte generativos.

– Las estructuras y procesos biológicos como inspiración y “materiales” para el arte. Los proyectos del científico y artistia Ariel Ruiz i Altaba, que comenté aquí, como Paisajes embrionarios o Genoma e identidad constituyen excelentes ejemplos.

– La biología como proceso multiescala que permite interpretaciones alternativas, complementarias pero también conflictivas, de la realidad. Hasta donde yo conozco este es un tema que ha provocado menor interés hasta el momento pero que mereceria ser explorado en el futuro.

6. El arte como herramienta de la biología

Complementariamente a la aproximación más clásica, analizada más arriba, entre biología y arte, surge en los últimos años un nuevo enfoque en el que es el arte en el que se transforma en una herramienta que permite a la biología mejorar su comprensión de la información disponible y/o la comunicación de sus resulatdos. Este proceso de interacción se desarrolla especialmente en el ámbito de la visualización que permite la comprensión alternativa de realidades complejas en las que el método cientíico convencional revela sus limitaciones.

Este modelo alternativo de relación entre arte y ciencia, nos lleva a preguntarnos por los límites de ambas formas  de conocimiento y serían especialmente relavantes las preguntas: ¿qué es arte en el siglo 21?, ¿hasta que punto las estrategias que persiguen como objetivos fundamentales la inclusión activa del espectador (armas políticas) y/o la explicación de fenómenos complejos (armas de visualización …) pueden considerarse arte? y ¿hasta que punto esta cuestión es relevante?

Para explicar las razones de estas preguntas puede ser útil analizar el proyecto Deep Play:  de Harun Farocki. Consiste en un profundo análisis, mediante minería de datos y herramientas de visualización, de la final de la última Copa del Mundo de futbol centrado especialmente en la figura de Zinedine Zidane, la principal figura de la selección francesa para él que este partido que perdieron con Italia significó su retirada. este proyecto formó parte de Documenta 12 en Kassel en 2007 (esta colección de Flickr documenta la instalación) y se puede visitar ahora en la exposición Máquinas & Almas en el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía de Madrid. Resulta especialmente interesante comprobar como en la reciente Eurocopa 2008 algunas de las estadísticas y visulizaciones utilizadas en las retransmisiones de televisión recordaban poderosamente a las ya desarrolladas por Farocki.

De este modo Deep Play constituye en si misma una reflexión sobre el significado del arte y su interacción con la visualización y el análisis de bases de datos y sistemas de información compleja. Pero si esto sucede con el mundo del fútbol, es fácil imaginar que este tipo de reflexiones y debates surgirán constatemente cuando el arte se aproxima a la ciencia. Para ilustrar esta aproximación del arte a la biología he utilizado diversos casos que he agrupado en tres ámbitos en función de la escala del proceso biológico analizado:

– Biología molecular: Microzoos de Santiago Ortiz / Bestiario es un proyecto educativo que permite diseñar el genoma de organismos y visualizar la dinámica reproductiva y evolutiva de la población diseñada. Las cartografías genómicas desarrolladas por Ben Fry con Processing. amplian las herramientas de análisis y visualización utilizadas por los bioinformáticos para trabajar con las enromes bases de datos genómicas. Este último proyecto ha tenido siempre un marcado carácter dual dado que se plantea como una herraienta, y por tanto como una actividad científica, pero muchos de sus resultados son considerados como arte y tratados como tal.

– Ecología y sostenibilidad: El análisis de las redes tróficas, “objetos” biológicos de elevada complejidad estructural y dinámica, ha experimentado la necesidad de utilizar y desarrollar herramientas estadísticas y modelos propios (muchos de ellos tomados de otras áreas científicas dedicadas al análisis de redes). En este proceso los resultados científicos han ido dando paso a “productos” próximos al arte. Un buen ejemplo lo tenemos en el grupo de investigación Pacific Ecoinformatics and Computational Ecology Lab y su sitio web Foodwebs.org. Por ejemplo, su reciente artículo Compilation and Network Analyses of Cambrian Food Webs, aparecido en PLoS Biology en Abril de 2008. incluye sofisticados análisis de redes tróficas fósiles en los que algunos resultados finales presentan un elevado valor estético a la vez que comunicativo. En esta misma línea la galería de redes tróficas de este grupo presenta sofisticados ejemplos de visualización de redes complejas que reflejan las preocupaciones estéticas de este grupo.

– Arquitectura y paisaje:

Ampliación del concepto de Naturaleza (texto de sin | estudio)

La capacidad del hombre actual de actuar globalmente y convertir el planeta en un laboratorio total ha producido además como consecuencia la revisión del concepto de naturaleza, y con ello la progresiva desaparición de su tradicional idealización.

En el territorio, el proceso de antropización ha ido difuminando los límites entre ciudad y campo, entre paisaje e infraestructuras, de modo que hoy podemos hablar de una multiplicidad de naturalezas artificiales que lo abarcan todo.

Este texto, que ya comenté aquí, refleja la profundidad de la interacción entre el hombre y la naturaleza para dar lugar a territorios y paisajes que ya debemos considerar, al menos en nuestro entorno, como artificiales. Estos “objetos” constituyen los materiales para diferentes formas de relación del arte con la biología, entendida ésta en sentido amplio. Podríamos definir cuatro grandes tipos de relaciones:

  1. Naturaleza como inspiración
  2. Infraestructuras ambientales
  3. Espacios públicos
  4. Crítica política y acción ciudadana

Estos serían algunos ejemplos de intervenciones a caballo entre la política, el activismo poltico, la arquitectura y al ingeniería y la ciencia que podríamos encuadrar en una o varias de las categoría anteriores.

Proyectos proponen diseñar naturalezas artificiales que proporcionen infraestructuras ambientales y espacios públicos en territorios urbanos:

Proyectos que visualizan los efectos ambientales de la acción humana y hacen accesible la información a los “no expertos” como una forma de empoderamiento para el activismo y la crítica política:

  • Los proyectos de Natalie Jeremijenko como Environmental Health Clinic, OneTrees y la estación espacial urbana diseñada con Angel Borrego, y que forma parte de la exposición Máquinas & Almas del MNCARS. El primero se convierte en una clínica a la que cualquier cudadano puede llevar muestras ambientales que son sometidas a una serie de análisis para evaluar sus niveles de contaminantes. En el segundo se realiza una intervención en la Bahía de San Francisco en la que se plantan clones de árboles, genéticamente idénticos, con el fin de analizar la variabilidad en su crecimiento y poder relacionarla con factores ambientales. El último visualiza la infraestructura que tendríamos que desarrollar si quisieramos vivir en una atmósfera “limpia” de contaminantes en pleno centro urbano. Sorprendentemnete estos proyectos de Jeremijenko, y especialmente los dos primeros, han tenido una amplia repercusión en el mundo del arte y ocupado espacios en museos cuando podrían ser considerados igualmente proyectos estrictamente científicos. La principal diferencia se establece en su intención comunicativa y de empoderamiento ciudadano.
  • The Center for Land Use Interpretation en Los Angeles constituye una institución que mezcla museo con centro de gestión de información dedicada a la información sobre usos del territorio y sus consecuencias ambientales en EEUU. Podemos tomar como ejemplos de los tipos de proyectos que desarrollan: Post Consumed. The Landscape of Waste in Los Angeles, que analiza y visualiza la dispersión de los residuos en el paisaje de Los Angels; y Up River. Points of Interest on the Hudson from the Battery to Troy, que presenta imágenes aéreas de las huellas de la acción del hombre sobre el paisaje del Río Hudson.

21 marzo 2007

Ciencias computacionales e innovación colaborativa: el proyecto de Centro de Inteligiencia Artificial en Chile

En Chile está naciendo un proyecto esperanzador, en la línea de la acciones a las que los innovadores chilenos nos vienen acostumbrando en esa isla de estabilidad y desarrollo que, por desgracia (por su rareza), constituye hoy en día Chile en Latinoamérica. En el marco de la Universidad de Concepción y aunando esfuerzos internos y externos se está gestando un Centro de Inteligencia Artificial. Puede que el nombre no identifique claramente sus objetivos (al menos en la perspectiva española), pero este centro pretende ser un nodo para la innovación en todo tipo de áreas científicas basadas en las tecnologías de la información (y todas lo están en el siglo XXI, desde la biología a la lingüística). Sus objetivos no son sólo académicos, si no que también busca servir de incubadora de proyectos empresariales. Además, su concepción se inspira en Internet como modelo colaborativo y se concibe en sus detalles para promover la interacción y el trabajo abierto.

Reconozco que no puedo ser del todo objetivo por que uno de los actores principales de este proceso son la gente de D+ Arquitectos, con Andrés Durán a la cabeza. Pero, al mismo tiempo su compromiso con este centro es una garantía de un modelo innovador y eficaz. Su implicación va desde el diseño arquitectónico, donde tratan de codificar en las estructuras físicas los espacios de colaboración, al desarrollo de proyectos específicos (especialmente con el desarrollo de mundos sintéticos y videojuegos en colaboración con artistas).

Andrés Durán, a través del blog de D+ Arquitectos, ha ido narrando los avances del proyecto, sus objetivos y sus elementos de inspiración. En Un Centro de Inteligencia Artificial para Chile explicaba la filosofía del centro y como la arquitectura pretendía crear el contexto propicio para el proceso de innovación colaborativa:

Hemos participado del Equipo técnico que ha desarrollado la propuesta para la generación del primer centro de Inteligencia Artificial de Chile. Y se emplazará en la ciudad de Concepción, Región del BioBio. Este proyecto lo lidera el Doctor John Atkinson quien desarrolla su labor docente en la Universidad de Concepción en la Escuela más antigua de Informatica del pais, su doctorado lo desarrollo en Edimburgo, UK cuna de la IA, . John es una persona que tiene muy claro la importancia de la Innovación en el desarrollo de nuestro país y se ha puesto la tarea de levantar este centro en la ciudad de Concepción. Entre otras TAREAS Nuestra misión en D+, ha sido el llevar a una concepción arquitectónica el proceso de la Innovación, también ha sido crucial nuestro Emprendimiento tecnológico en Mundos Sintéticos

El proyecto se plantea desde el dominio de generar un ámbito adecuado para la incubación de un emprendimiento de índole Tecnológico, esto es, diseñar un edificio para albergar un Centro de Inteligencia Artificial y de Innovación que, tiene como misión concentrar la Investigación, la Difusión y la relación con el Mundo como Mercado  a través de Internet y  con  la empresa privada local y Nacional en lo relativo a generar productos u ofertas para mejorar la competitividad en el área productiva y comercial…

Para recoger esta dinámica y crear una ámbito y una atmósfera creativa el Proyecto se presenta como un gran envolvente para construir los encuentros y las conversaciones que articulan la invención. Es decir se construye a partir de lo colectivo. El nosotros es clave para entender el trabajo en equipo y en la construcción de una comunidad que busca inventar el futuro. Los investigadores , los profesores y también los emprendedores tendrán un espacio destinado a lo colectivo basado en una Célula con características urbanas. Un  espacio como un gran hall Invernal quea traves de una membrana o piel circular difunde la luz a través de superímetro. De éste modo creamos el primer Límite, desde allí comienza una conquista por el interior por establecer entonces el programa específico, aquello que define la especificidad donde aparece lo individual. Entonces el programa se atomiza en Pequeños Edificios que pueblan el interior de la Célula Madre y se disponen creando proximidades e interioridades que dan paso a lo singular. Aparece una dimensión más doméstica en donde la escala de lo personal dá pie a que se exprese lo identitario. Entre estas dos dimensiones aparecen los espacios del encuentro y la relación, Patio, Plaza, Esquina, Calle, Café, Biblioteca,serán lugares que pueden mutar , extenderse o comprimirse según la circunstancia. Abrirse o cerrarse según sea el evento.

Entonces la Célula entera se interrelaciona creando siempre nuevos flujos y reflujos. Quietud y Permanencia. En este punto aparece la expresión del encargo en su condición más elemental. En este lugar se trabaja e investiga a través de Computadores. La interfase de ello es la pantalla. Para que aquello ocurra con un nivel óptimo de calidad de luz debemos aportar o construir una cierta penumbra. Una serie de filtros que garanticen un ojo descansado sobre la pantalla , libre de los molestos reflejos directos del espacio exterior. Por ello es que los lugares de inmersión son “cajas”, dentro de un envolvente Mayor. Este envolvente o piel principal  se convierte en un primer diafragma que  amortigua las vistas y la relación con el exterior,se define básicamente por que es capaz de construir un cierto espesor,que permite intercalar lo abierto y lo cerrado, la vista o la luz.

Ayer, ante la inminencia de las decisiones finales de los organismos que financiarán este centro, Andrés recordaba la importancia de este proyecto para Chile,  Protagonicemos el Futuro o ¿Porqué es importante Un centro de Inteligencia Artificial para Chile?:

Este proyecto es el único en Chile presentado basado en las Tecnologías de la Información.  Se situa en la región del BioBio en la ciudad de Concepción Es patrocinado por la Universidad de Concepción en el contexto de la Generación de un Parque Tecnológico, y tiene dentro de sus socios estratégicos a Microsoft Chile e IBM . Y es el único que es capaz de ser transversal a os diversos intereses país entiéndase , BioIngenieria, BioMedicina, Energías Renovables, etc. ¿Porqué? Porque todas esa disciplinas compiten en el mundo por un espacio de innovación y disrupción que cambie alguna práctica o mejore otras y todas requieren de grandes capacidades de cálculo para simular procesos o eventos, aquí entra entonces, en el espacio interticial de todas las demás. Ahora si además declaramos que el foco de de desarrollo es  el impacto a través de Internet, y los mercados Globales creo tenemos una gran partida. Glocal, una necesidad de Mercado Primarios por Competir de Igual a Igual, ejemplo de esto sería la alianza entre el centro y comunidades regionales que digitalicen su territorio en busca de conectividad, creando y formando cluster sociales de emprendimiento informatico. Este  espacio será  de Innovación, hibridez y efecto Medicis y bueno lo que no es menor sucediendo desde el Sur del Mundo.

26 octubre 2006

Source code for Biology and Medicine: ciencia de acceso abierto y de código abierto

BioMed Central ha lanzado una nueva revista científica electrónica, Source Code for Biology and Medicine, interesante por dos razones:

1. Por una parte por su “modelo de negocio”; es una revista de acceso abierto y gratuito para los lectores, haciendo frente a y los costes de edición mediante las aportaciones económicas de los autores de los artículos que se publiquen en la revista. Este modelo se está imponiendo en muchas revistas electrónicas de acceso abierto, en particular en las editadas por BioMed Central.

2. Por otra parte, es una revista dedicada al código del software desarrollado para aplicaciones biológicas y médicas, dos áreas científicas que se están transformando en gran medida en ciencias computacionales. A pesar de la importancia creciente de la minería de datos, modelización estadística, simulación y otras herramientas dependientes de software, pocas revistas de biología o medicina prestan atención al código en si mismo y pocas requieren (o, al menos, permiten) que el código fuente acompañe a los artículos. Esto dificulta el contraste de los resultados y el desarrollo de nuevo conocimiento partiendo del ya existente. Como propnen en el artículo de bienvenida (pdf provisional), esta nueva revista viene a cubrir esas carencias:

Source Code for Biology and Medicine is a peer-reviewed open access, online journal that publishes articles on source code employed over a wide range of applications in biology and medicine. The aim of the journal is to publish source code for distribution and use in the public domain in order to advance biological and medical research. Through this dissemination, it may be possible to shorten the time required for solving certain computational problems for which there is limited source code availability or resources. Fundamentally, the overarching computation-related goals of the journal are to:

  • Increase productivity among source code users working on problems of public and environmental health importance
  • Reduce discovery times in molecular and genomic sciences
  • Reduce search times for source code applied in biological and medical research • Provide a historical reflection of source code applied in various fields
  • Serve as a repository for source code

Los temas de interés son muy amplios, lo cual posiblemente sea buena idea dado que es la primera iniciativa en este ámbito, aunque esperemos que en el futuro, por el propio éxito del proyecto, nazcan nuevas revistas especializadas:

The scope of Source Code for Biology and Medicine includes workflow and source code for data integration, data fusion, gene regulatory networks, molecular pathway and drug discovery, protein structure, biological sequence analysis, signal processing, geospatial information systems, patient management systems, decision support systems, social network systems, environmental risk and dose modeling, supervised and unsupervised classification, text and media mining, and parametric/non-parametric numerical methods. Publications in Source Code for Biology and Medicine may involve the following areas: Biometrics, Biostatistics, Biopatterns, Biophysics, Bioinformatics, Ecology, Environmental health, Health physics, Medical physics, Medical informatics.

Por otra parte la revista integra las últimas tendencias en publicaciones científicas, que están incorporando las herramientas y modelos de creación de contenidos de la web 2.0, como son los feeds RSS o la posibilidad de que los artículos ya publicados reciban comentarios de los lectores.

20 marzo 2006

Las patentes llegan al absurdo, pero pueden conseguir paralizar la innovación

Patentar un procedimiento es defendible (aunque discutible), patentar un hecho científico es absurdo y, sobre todo, peligroso. Pero, al menos al sistema judicial americano, no le parece tan absurdo. La ventaja de que esto lo explique un autor de best sellers es que lo hace ameno y accesible a todos los lectores y que lo explica mucho mejor que cualquier abogado, político o académico. Eso ha hecho Michael Crichton en su articulo This Essay Breaks the Law, publicado en The New York Times, (vía Open Access News). La historia empieza más o menos así:

In 1986 researchers filed a patent application for a method of testing the levels of homocysteine, an amino acid, in the blood. They went one step further and asked for a patent on the basic biological relationship between homocysteine and vitamin deficiency. A patent was granted that covered both the test and the scientific fact. Eventually, a company called Metabolite took over the license for the patent.

Although Metabolite does not have a monopoly on test methods — other companies make homocysteine tests, too — they assert licensing rights on the correlation of elevated homocysteine with vitamin deficiency. A company called LabCorp used a different test but published an article mentioning the patented fact. Metabolite sued on a number of grounds, and has won in court so far.

La pelota está ahora en el tejado de los juzgados (poco conocedores de las bases científicas y escasamente preocupados por el desarrollo y la innovación, lo que conlleva un elevado grado de incertidumbre y arbitrariedad en sus decisiones):

On the one hand, courts have repeatedly held that basic bodily processes and "products of nature" are not patentable. That's why no one owns gravity, or the speed of light. But at the same time, courts have granted so-called correlation patents for many years.

Este caso es, por desgracia, sólo un ejemplo. Las consecuencias para la investigación científica y la creación y mejora de productos y servicios son obvias. El fin del artículo es, por ahora, irónico, pero puede convertirse en realidad algún día:

I wanted to end this essay by telling a story about how current rulings hurt us, but the patent for "ending an essay with an anecdote" is owned. So I thought to end with a quotation from a famous person, but that strategy is patented, too. I then decided to end abruptly, but "abrupt ending for dramatic effect" is also patented. Finally, I decided to pay the "end with summary" patent fee, since it was the least expensive.

16 octubre 2005

Ruiz i Altaba: la ciencia como arte

Ariel Ruiz i Altaba es un científico y artista nacido en México, crecido en Barcelona, doctorado en biología molecular por Harvard y profesor de la Université de Genève. Su obra artística es una extensión de su trabajo científico en la vanguardia de la biología del desarrollo, además de permitirle explorar otras fronteras de la biología como la genómica. El arte de Ruiz i Altaba supone una forma de explorar y comprender la ciencia y, posiblemente, una forma de inspiración para su investigación.

Santiago Navajas en Cine y Política comentó hace poco los paisajes embrionarios de Ruiz i Altaba, dejando esta reflexión sobre la creatividad (y la libertad) como raíz de la ciencia y del arte:

Lo que tenemos que aprender es a ver de manera diferente y para ello hace falta creatividad e ir más allá de lo que se conoce y de las ideas hechas. Eso es la ciencia. Para mí la fascinación de la ciencia es poder liberarse de los dogmas y empezar a ver una cosa con ojos nuevos. Es lo mismo que en el arte

30 junio 2005

Se acaba de lanzar PLoS Computational Biology

PLoS Computational Biology es la nueva revista de la Public Library of Science, que publican en asociación con la International Society for Computational Biology. Sigue el mismo modelo que las que le preceden: licencias Creative Commons, acceso libre (abierto y gratuito), y aportaciones económicas de los propios autores (o sus instituciones) para soportar el trabajo editorial.

Le deseamos larga vida y, al menos, el mismo éxito que PLoS Biology y PLoS Medicine que en poco tiempo se han colocado en los primeros puestos de sus respectivos ránkings (basados en las citas recibidas en otras publicaciones).

Esta es la editorial que innagura el primer número:

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12 abril 2005

BioModels: una iniciativa abierta en biología computacional

Una buena iniciativa para crear ua base de datos abierta de modelos en biología computacional. Lo comentan en Worldchanging:

SBML and the BioModel Database

Today sees the opening of BioModels, an online database of annotated open biological models. BioModels is a collaborative effort of the UK's European Bioinformatics Institute, the Keck Graduate Institute in the US, Japan's Systems Biology Institute and Stellenbosch University in South Africa, along with the Systems Biology Markup Language (SBML) team. SBML is a standardized, open source language for describing the behavior of biological systems, allowing biologists to share models and results easily.

Even the simplest living organisms perform a mind-boggling array of different processes, which are interconnected in complex ways to ensure that the organism responds appropriately to its environment. One ofthe best ways of ensuring that we really understand how these processes fit together is to build computer models of them. If a computer model behaves differently than the real organism, we know that we've neglected an important component of the system. Quantitative models can also reveal previously unappreciated properties of complex systems, paving the way towards new drug treatments.This approach, known as ‘computational systems biology,’ is becoming increasingly popular now that scientists are accumulating detailed parts lists for many organisms, thanks to genome sequencing projects and other efforts to comprehensively document the components of living entities.

This is a good example of how open standards and open access can facilitate scientific understanding. SBML can function as a Rosetta Stone for bioinformatics, translating the results of research across myriad modeling packages, making it possible for researchers around the globe to share in each other's work. The BioModels database, in turn, parallels the work at BioForge in making tools for discovery freely and openly available.

Esperemos que el ejemplo cunda y trabajemos para que este tipo de iniciativas se extiendan a otos campos de la biología. En concreto la ecología hace un uso intensivo de modelos estadísticos y de simulación, pero en pocos casos  existen unos estándares y formatos abiertos que favorezcan la colaboración y el creative remix (y así, cada uno debe inventar la rueda varias veces).

10 febrero 2005

Más sobre biología de código abierto

En Open Access News:

More on open-source biology          
Kristen Philipkoski, Genetically Modified IP Launched, Wired News, February 9, 2005.  Excerpt:  'A paper appearing in this week's edition of Nature is antiseptically entitled: "Gene transfer to plants by diverse species of bacteria." But the information that lies within may herald a revolution in biology. The paper describes two new technologies: TransBacter, a method for transferring genes to plants, and GUSPlus, a method of visualizing where the genes are and what they do. Behind the research, which was funded by the Rockefeller Foundation, is a team of scientists who want to provide the technologies as a "kernel," modeled on the Linux movement, as the beginning of perhaps the first practical offering in open source biology. Researchers who want to develop technologies based on this kernel can use it as they wish if they agree to a flexible license issued by Biological Innovation for Open Society. BIOS is spearheaded by Richard Jefferson, also founder of CAMBIA, an agricultural life science institute in Canberra, Australia....For the vision to become reality, BIOS plans to reach out to these entities with its BioForge website, which it launched Wednesday. Scientists can deposit and obtain scientific information on the site. The open source biology movement has been bubbling to the surface for years, and enthusiasts are heartened by the first technologies finally becoming available. "This is important, fundamental agricultural technology moving into the commons," said John Wilbanks, executive director of Science Commons, a group working to make it easier, and legal, to share scientific data. "This is the type of tool that, in increasing numbers, is being patented."

13 enero 2005

Sydney Brenner en Redes

Sydney_brennerSydney Brenner, premio Nobel de Medicnia de 2002 y una de las fiuguras más importantes de la biología en el siglo XX, fue entrevistado en el programa Redes de TVE del 5 de enero ("El  Secreto de la Vida").

Habló de muchos temas y en todos realizó comentarios de mucho interés y, algunos, polémicos. Aquí tenéis algunas ideas que me han interesado especialmente (en una adaptación libre de lo escuchado; en la web podéis leer una transcripción de partes de la entrevista).

Papel de la biología molecular, la física y la química

Brenner plantea que pasamos de un siglo XX donde la física era la ciencia por excelencia a un siglo XXI dominado por la biología. Los físicos se ocuparon por las bases de la vida, pero, no avanzaron demasiado por que no saben química, y la vida es química. Pero los los químicos se ocupan principalmente de como funciona la maquinaria de la vida (por ejemplo como obtenemos y procesamos energía), cuando lo realmente importante es la información biológica (como se codifica, interpreta y transmite) y ese es el objetivo fudamental de la biología molecular.

Podríamos decir (y esto es cosecha propia) que los químicos y físicos se han preocupado del hardware cuando lo que realmente es clave es el software.

Claves del trabajo científico

Siempre hay que fijarse en la escala de los procesos. Así su estrategia ha sido siempre resolver sistemas complejos a partir de la comprensión de sistemas simples. Y otro consejo práctico: dibujar esquemas y diagramas para sintetizar y organizar nuestro conocimiento.

Trabajar con pulpos!!

Una de las mayores contribuciones de este científico ha sido su trabajo con C. elegans, un animal de cuerpo y genoma simples, del que su grupo ha llegado a  cartografiar el diagrama completo de conexiones cerebrales. Y, en sus propias palabras, han demostrado que el comportamiento es "computable" a partir del diagrama de conexiones.

Si próximo reto es escalar este trabajo con un modelo simple a otro complejo. Y se plantea trabajar con el cerebro de los pulpos como un modelo de comportamiento sumamente complejo (e inteligente) que ha surgido en una línea evolutiva diferente a la humana.

Ideas sobre educación

Esta posiblemente sea la parte más polémica de la entrevista, pero la que a mi me ha resultado más interesante.

Brenner cuenta que cuando era joven desubrió que no conseguía nada preguntando a la gente como funcionaban las cosas, que lo mejor vía para conocer era hacer los experimentos por uno mismo. Defiende abiertamente el aprendizaje mediante el trabajo y la experimentación.

Algunas perlas que soltó (transcripción libre):
- "los cursos no valen ..., si quiero aprender algo me leo un libro ... y hago experimentos"
- "deberíamos olvidarnos de la escuela y la universidad, ... los niños deberían empezar el doctorado a los 5 años y que dure 20 años ...".

Cada vez estoy más de acuerdo con estas ideas (aunque se que muchos, la inmensa mayoría?,  de mis colegas universitarios las rechazarían totalmente.

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